SSH

ここら辺のソフトをいじる方は私よりもSE・PG寄りで、この分野にお詳しいと思われますので、詳細説明は割愛いたします。

Teraterm
http://hp.vector.co.jp/authors/VA002416/teraterm.html

Poderosa
http://ja.poderosa.org/

FTP

定番ソフトです。

FFFTP
http://www2.biglobe.ne.jp/~sota/

FFFTPでは、大容量ファイルのアップロード中に転送が途切れる場合があります。
そのようなときにはこちら。

FileZilla
http://filezilla.sourceforge.net/

海外ソフトですが日本語にも対応しています。インストール時に【Japanese】を選択。説明が英語なので、苦手な方はこちらをご参照下さい。


大阪市立大学 学術情報総合センター による解説
http://www.ex.media.osaka-cu.ac.jp/windows/filezilla.html